자동차세는 매년 6월과 12월 두 차례 납부하지만, 1월에 연납할 시 2~12월 세액의 5%를 할인받아 연세액의 4.58%를 할인받게 된다.

전년도 연납 신청자는 12일경 고지서를 일괄 발송할 예정으로 따로 신청할 필요는 없으며, 신규 신청자는 위택스 혹은 구청 세무과로 신청하면 된다.

납부는 전국 모든 금융기관 CD/ATM 기기와 스마트폰 앱, 위택스, 인터넷 지로, 가상계좌납부, 지방세입 계좌이체, ARS 등 다양한 방법으로 가능하다.

연납 신청하고 기한 내 납부하지 않을 시에는 6월과 12월에 정기분이 부과된다. 또한 자동차세 연납 후 차량의 소유권을 이전하거나 폐차 등 사유가 발생할 시에는 그 이후 기간에 대한 자동차세를 환급받을 수 있다.